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如果您收到的短信只提到扣了3分，而没有明确说明存在罚款，但在软件上却显示有罚款，可能存在以下几种情况。
1、短信与软件信息不同步：由于系统更新或其他原因，短信通知和在线查询的结果可能会有所延迟或不同步。
2、罚款信息未通过短信通知：并非所有的交通违规罚款都会通过短信通知，可能部分罚款信息仅在相关软件上发布。
为了确认是否存在罚款以及了解具体情况，建议您直接在该软件上查看详细信息，或者联系当地交通管理部门的客服进行咨询。
处理交通违规时，建议您留意以下几点：
1、核实信息的准确性：确保所收到的短信或软件上的信息确实是关于您的交通违规通知。
2、及时处理：如果您确实存在交通违规，请尽快处理，以避免额外的费用或不良影响。
3、保留证据：保留好与交通违规相关的任何证据，如收据、照片等，以备不时之需。
若对短信和软件上的信息存在疑问，建议直接通过官方渠道查询或咨询，以确保了解最准确的信息。